地面水常常受到土壤、工業廢水、生活污水及各種雜質的污染促進細菌滋生，有時每毫升水中細菌可達幾萬乃至幾十萬個；在有的水域里，大腸桿菌甚至每毫升達數萬個以上。雖然在水處理的過程中，經過混凝、沉淀（或澄清）、過濾等的凈化過程。

　　黏附在懸浮物上的大部分細菌，大腸桿菌、病原菌和其他一些微生物也一同被除去，但是，并不透徹，還存在一定量的對人體有毒害的微生物。為了保障人民的健康，防止疾病的傳播，還需進行水的消毒，以殺滅水中的病毒。

　　我國"生活飲用水水質標準"中規定，在水中細菌總數不超過100個/ML.總大腸桿群或糞大腸桿菌群每100ML水樣中均不得檢出。為此，在混凝澄清過濾之后還需要進行消毒。子啊工業冷卻水處理中，為了防止循環冷卻水產生生物黏泥，要控制水中的好氣益養菌數不超過1x10個/ml.

　　因此，對于作為循環冷卻水處理系統補水的過濾水，需要進行消毒殺菌處理。在除鹽水處理系統，為了防止離子交換樹脂受到細菌的污染，也需要對其原水進行消毒殺菌。此外，消毒還可以出去水的色角。